Кажется, понял почему... (я как-то в детстве баловался черно-белыми стереоотпечатками)
Надо очень тщательно подбирать расстояние, на которое сдвигается фотоаппарат от первого ко второму снимку - точнее, его соотношение с величиной картинки на мониторе.
И еще, фокальная плоскость конечно же должна быть одна и та же на обоих фото. Т.е ни в коем случае не "под другим углом", а со строго горизонтальным сдвигом камеры. И еще, может быть, дело в аберрациях краевых, которые получаются на снимке. Если такое подозрение есть - надо делать оригинал снимков завыатывающими большую площадь, а потом резать из центров кропы.